Celý NIS TREE je koncipován tak, že jej lze kompletně ovládat pomocí klávesnice. Použití klávesnice přispívá ke zvýšení produktivity práce. Pro určitý typ činnosti se v NIS používají vždy stejné funkční klávesy. Funkční (horké) klávesy, které lze v daném kroku použít a vyvolat nějakou akci jsou vždy vypsány ve spodní části obrazovky.

Velikost okna, ve kterém běží NIS lze měnit přidržením pravého tlačítka myši na pravém dolním rohu okna a tažením tohoto rohu požadovaným směrem. V závislosti na rozměrech a proporcích okna je přizpůsobována velikost fontu zobrazovaného textu.

Ovládání pomocí myši je možné pouze při použití emulátoru Winterm.

V emulátoru Proterm lze myš využít pouze jako pomocný nástroj a to pro kopírování a vkládání textů pomocí schránky Windows.